Después de que Shredder logrará escapar, se une fuerzas con el científico loco, Baxter Stockman, y dos secuaces, Bebop y Rocksteady, para desatar un plan diabólico para apoderarse del mundo. Entonces las Tortugas, Abril O’Neil, Vern Fenwick y el nuevo vigilante enmascarado, Casey Jones, no solo se enfrentarán a Shredder y su nueva tripulación, si no también se encuentran frente a un mal aún mayor con intenciones similares: el famoso Krang.
