Después de la desastrosa tormenta de alimentos en la primera película, Flint y sus amigos se ven obligados a abandonar la ciudad. Flint acepta la invitación de su ídolo Chester V para unirse a The Live Corp Company, que ha sido encargado de limpiar la isla, y donde los mejores inventores en el mundo crean tecnologías para el mejoramiento de la humanidad. Cuando Flint descubre que su máquina sigue funcionando y ahora crea bestias mutantes como mermeladas vivas, tacodiles hambrientos, gambas y tartes de manzana, él y sus amigos deben regresar para salvar al mundo.
